首先在1896年至1900年間，他一共被派遣來臺四次，前後在臺調查時間加起來不過兩年。足跡遍及東部花東縱谷和海岸（第一次調查旅行）、蘭嶼（第二次）、恆春半島全境（第三次），以及臺灣南部和中部山地。
主要路線包括首登玉山和循八通關古道橫越中央山脈的壯舉（第四次）。調查的項目，包括東部泰雅、山地的布農、鄒、排灣、東魯凱；平地和海岸的邵、阿美、卑南、斯卡羅和平埔各族，以及蘭嶼雅美（達悟）族的體質與文化，也從事史前考古遺址的發掘調查，成果豐碩。
原住民從體質特徵、文化習俗與語言的異同加以分類（九分法）。透過鏡頭的捕捉，把原住民各族的體質特徵，包括臉貌、頭形、體骼，完整地拍下作為研究資料。經過調查、分析、比較之後，台灣土著終能命名分頪成為可把握的對象。這樣的結果是福是禍？偉大的人類學家會不會太武斷？人類適合像動植物一樣分類採集嗎？留下大推無人敢問的問號 !
離開臺灣以後，鳥居博士轉向東北亞進行畢生的大規模民族研究計畫。晚年他曾透露未能回頭來臺灣，將臺灣原住民文化與東南亞海島群民族，或中國西南方苗族，做比較研究而抱憾。
延伸閱讀
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3. 台灣原住民14族擴增為16族
4. 台灣的方言地理學
5. 山海世界- 台灣原住民心靈摹寫 (孫大川)
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