行政院部會組織爭議尚有八部會相互角力

立院三讀通過國科會升格「科技部」。14部、8會、3個獨立機關中還剩九個部會未完成組織法的立法或修正包括：農業部、經濟及能源部、交通及建設部、環境資源部、勞動部、海洋委員會等。

科技部只管三個科學園區，卻占掉一個部的額度並不恰當，也因此過程爭議不斷。立委認為規畫中的海洋委員會更適合設為部卻未能成功翻案。掌管主要科技預算的仍是行政院科技會報。氣象局已被劃入環境資源部，原子能委員會也回歸行政院，

其他部會以環境資源部及農業部爭議最大；兩機關對於林務局、林試所等林業、森林保育等如何分工、歸屬談不攏，朝野立委及環團也有看法，成組改協商最大難題。

除「勞動部組織法」草案已完成協商，尚有八個部會彼此角力。組改相關法源能否在本會期順利三讀、完成全部拼圖，朝野還有得喬。

中央行政機關組織基準法規定，三級機關署、局總量上限為七十個，各部會也上演修法「卡位」戰。邱文彥、田秋堇等立委主張海洋委員會設「海洋保育署」、立委高金素梅則盼原民會設文化發展局，兩委員會都在爭搶七十署局的「最後一席」。